ประวัติ สมัยรัชกาลที่ ๕ ในช่วงปี พ.ศ. ๒๔๓๖ (ร.ศ. ๑๑๒) สยามเกิดกรณีพิพาทกับฝรั่งเศสซึ่งทำให้ต้องเสีย ดินแดนฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงไปโดยได้ตกลงทำสัญญาว่า ฝรั่งเศสจะยึดจันทบุรีไว้เป็นประกันนานถึง ๑๑ ปีเศษ ในปี พ.ศ. ๒๔๔๐ (ร.ศ. ๑๑๖) ได้มีการใช้พระราชบัญญัติปกครองท้องที่ คือจัดตั้งอำเภอ ตำบล และหมู่บ้านขึ้น ที่ทำงานของรัฐบาลในอำเภอเรียกว่า “ที่ว่าการอำเภอ” ซึ่งมีผลทำให้ขลุงจัดตั้งขึ้นเป็น อำเภอขลุง ในปี พ.ศ. ๒๔๔๑ (ร.ศ.๑๑๗)
การแบ่งเขตการปกครอง การปกครองส่วนภูมิภาค อำเภอขลุงแบ่งเขตการปกครองย่อยออกเป็น ๑๒ ตำบล ๙๐ ได้แก่
           ๑. ขลุง (Khlung)
           ๒. บ่อ (Bo)                                              ๑๐  หมู่บ้าน
           ๓. เกวียนหัก (Kwian Hak)                    ๑๐  หมู่บ้าน
           ๔. ตะปอน (Tapon)                                   ๖  หมู่บ้าน
           ๕. บางชัน (Bang Chan)                          ๖  หมู่บ้าน
           ๖. วันยาว (Wan Tao)                               ๘  หมู่บ้าน
           ๗. ซึ้ง (Sueng)                                      ๑๑  หมู่บ้าน
           ๘. มาบไพ (Map Phai)                             ๖  หมู่บ้าน
           ๙. วังสรรพรส (Wang Sappharot)       ๙  หมู่บ้าน
         ๑๐. ตรอกนอง (Trok Nong)                     ๖  หมู่บ้าน
         ๑๑. ตกพรม (Tok Phom)                        ๑๑  หมู่บ้าน
         ๑๒. บ่อเวฬฺ                                                  ๗ หมู่บ้าน
ที่อำเภอขลุงประกอบด้วยองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 12 แห่ง ได้แก่
          เทศบาลเมืองขลุง ครอบคลุมพื้นที่ตำบลขลุงทั้งตำบล
          เทศบาลตำบลบ่อเวฬุ ครอบคลุมพื้นที่ตำบลเกวียนหักทั้งตำบล
          เทศบาลตำบลเกวียนหัก ครอบคลุมพื้นที่ตำบลเกวียนหักทังตำบล
          เทศบาลตำบลบ่อ ครอบคลุมพื้นที่ตำบลบ่อทั้งตำบล
          เทศบาลตำบลตกพรม ครอบคลุมพื้นที่ตำบลตกพรมทั้งตำบล
          เทศบาลตำบลวันยาว ครอบคลุมพื้นที่ตำบลวันยาวทั้งตำบล
          เทศบาลตำบลซึ้ง ครอบคลุมพื้นที่ตำบลซึ้งทั้งตำบล
          องค์การบริหารส่วนตำบลตะปอน ครอบคลุมพื้นที่ตำบลตะปอนทั้งตำบล
          องค์การบริหารส่วนตำบลบางชัน ครอบคลุมพื้นที่ตำบลบางชันทั้งตำบล
          องค์การบริหารส่วนตำบลมาบไพ ครอบคลุมพื้นที่ตำบลมาบไพทั้งตำบล
          องค์การบริหารส่วนตำบลวังสรรพรส ครอบคลุมพื้นที่ตำบลวังสรรพรสทั้งตำบล
          องค์การบริหารส่วนตำบลตรอกนอง ครอบคลุมพื้นที่ตำบลตรอกนองทั้งตำบล
ภูมิประเทศ สภาพพื้นที่ภูมิประเทศมีลักษณะเป็นรูปเรียวยาว มีทั้งส่วนที่เป็นภูเขา ที่ราบ และปปปป่าชายเลน
          ภูเขา อยู่ในพื้นที่ตำบลบ่อเวฬุ ตำบลตรอกนอง มีลักษณะเป็นดอนสูง มีป่าและภูเขาอยู่ทั่วไป
          ที่ราบ อยู่ในพื้นที่ตำบลวังสรรพรส ตำบลมาบไพ ตำบลตะปอน ตำบลซึ้ง โดยที่ตำบลบางชัน และตำบลบ่อติดชายฝั่งทะเล (อ่าวไทย)      
           แม่น้ำ มีแม่น้ำที่สำคัญ คือแม่น้ำเวฬุ แม่น้ำเวฬุ ไหลจากทิศเหนือของอำเภอลงสู่ทะเลที่บ้านเกาะจิก ตำบลบางชัน นอกจากนี้ ยังมีคลองน้ำจืดไหลผ่านหลายตำบล เช่น คลองขลุง คลองซึ้ง คลองตะปอน คลองเกวียนหัก คลองตรอกนอง คลองมาบไพ คลองเขาอ่าง คลองมะกอก เป็นต้น