ประวัติการสร้างวัดเขาบางทราย 
          วัดเขาบางทรายเป็นวัดที่สร้างมาตั้งแต่สมัยโบราณ ประวัติความเป็นมาของวัดปรากฏการสถาปนาบูรณาปฏิสังขรณ์หลายยุคหลายสมัย เพื่อให้ง่าย
ต่อการศึกษาและทำความเข้าใจจึงแยกออกเป็นแต่ละสมัย ดังนี้
          ระยะที่ ๑ สมทัยก่อนกรุงศรีอยุธยา
          มีหลักฐานปรากฏรองรับคือ รอยพระพุทธบาท โดยบนยอดเขายอดที่หนึ่งนั้นมีรอยพระพุทธบาทประดิษฐานอยู่สองรอย รอยที่หนึ่งประดิษฐานอยู่ในบ่อ
หรือกรุ ลักษณะแบบลังกานิยมคือเป็นรอยพระพุทธบาทแบบประดิษฐ์หรือแบบสมมาตร นิ้วพระหัตถ์ยาวเสมอกัน สันนิษฐานว่าสร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาถึง
กรุงรัตนโกสินทร์ รอยที่สองพบเมื่อพุทธศักราช ๒๕๐๒ โดยพระครูธรรมสุทธาจาร (สุด ธมฺมสุทฺธเถร) รองเจ้าอาวาสในขณะนั้น ได้ขึ้นไปซ่อมพื้นพระมณฑป
ได้พบรอยพระพุทธบาทฝังอยู่ในดินในลักษณะตะแคง รูปแบบของรอยพระพุทธบาทเป็นลักษณะคล้ายธรรมชาติ คือ นิ้วพระบาทมีขนาดไม่เท่ากัน จึงได้อันเชิญขึ้นประดิษฐานคู่กับรอยพระพุทธบาทลังกานิยม ณ พระมณฑป รอยพระพุทธบามที่พบรอยนี้ สันนิษฐานก่อนสมัยกรุงศรีอยุธยา
          ระยะที่ ๒ สมัยกรุงศรีอยุธยา
          มีพระเจดีย์ตันและพระเจดีย์โพรง สร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นหลักฐาน และมีเรื่องเล่าเกี่ยวกับการสร้างวัดไว้ว่า พระเจ้าแผ่นดินกรุงเก่าพระองค์หนึ่งโปรดเสวยเพดานปลากะโห้ และได้เสด็จประพาสทางเรือประทับแรมที่พลับพลาหัวหินที่เป็นชายหาดอยู่ที่หน้าวัดเขาบางทรายแล้วเสด็จพระราชดำเนินขึ้นไปบนเขา
ทรงสักการะรอยพระพุทธบาท และโปรดให้สร้างพระอารามเป็นกัลปนาสถานเพื่อคอยพิทักษ์รักษารอยพระพุทธบาท
          เมื่อมีการสืบค้นหาข้อเท็จจริง มีผู้สันนิษฐานว่าน่าจะเป็นสมเด็จพระสรรเพชญ์ที่ ๙ (พระเจ้าท้ายสระ) มีโบราณสถานปรากฏให้เห็นจนถึงปัจจุบัน คือ วิหารล่าง (วิหารพระงาม) พระอุโบสถหรือวิหารหลวงพ่อโตที่มีช่างฝีมือกล่าวชมว่าไม่มีพระอุโบสถวัดใดในชลบุรีงามเสมอเหมือน รอยพระพุทธบาทมีพระมณฑปครอบศาลาเคียงข้างพระมณฑป พระเจดีย์ตัน พระเจดีย์โพรง และศิลาจารึกลักษณะเป็นเศษหักเป็นชิ้นเล็ก มีจารึกอักษรขอมว่า สิลายํ ขุดพบฝังดินอยู่ที่ลานพระมณฑป
เมื่อพุทธศักราช ๒๔๕๘ ในคราวปฏิสังขรณ์พระมณฑปสมัยรัชกาลที่ ๖ แต่ปัจจุบันนี้ได้หายไป
          ระยะที่ ๓ สมัยกรุงรัตนโกสินทร์
          วัดเขาบางทรายในส่วนที่กล่าวในระยะที่ ๑ และที่ ๒ นั้น เป็นวัดที่ตั้งอยู่บนเขาพระพุทธบาทบางทราย ซึ่งภายหลังพระอารามแห่งนี้จะร้างหรือไม่อย่างไร
ไม่ปรากฏหลักฐานที่แน่ชัด แต่ในระยะที่ ๓ นี้ มีพระภิกษุที่มาพำนักอยูที่เชิงเขาได้ตั้งวัดขึ้นใหม่เรียกว่า “วัดเขาบางทราย” ต่อมาวัดแห่งนี้ได้ร้างไปอีกจนกระทั่งสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) มาปฏิสังขรณ์
          การสร้างหรือปฏิสังขรณ์วัดเขาบางทราย มีหลักฐานปรากฏชัดอยู่ในลิขิตของพระชลโธปมคุณมุนี (พุฒฺ ปุณฺณกเถร) ซึ่งเป็นลิขิตถวายพระพรแด่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ เมื่อพุทธศักราช ๒๔๔๕ ความตอนหนึ่งว่า “กล่าวด้วยเหตุผลเดิมเกิดตัวเฮีย ที่เมืองนครชัยศรี เมืองฉะเชิงเทรานั้น ครั้งนั้นพระบาทสมเด็จพระพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวเสวยราชได้ ๒๓ ปี จึงโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) วรุตมพงศ์ นายกสยามดิลกโลกานุปาลนารถ แต่เมื่อท่านยังเป็นเจ้าพระยาพระคลังว่าที่สมุหพระกลาโหมอยู่นั้น ยกไปปราบปรามทั้งสองหัวเมืองราบคาบแล้ว เมื่อเวลากลับท่านมาจากเมืองฉะเชิงเทรา มาหยุดชำระตัวเฮียอยู่ ณ วัดคงคาลัย แขวงเมืองชล ได้ให้ปลัดทรัพย์สร้างวัดเขาบางทรายนี้เป็นวัดขึ้นนับแต่ปีนั้นมาได้ ๕๕ ปี” (หมายถึง อายุของวัดในปีที่พระชลโธปมคุณมุนี (พุฒฺ ปุณฺณกเถร) ถวายพระพรแด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕)
          สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) ได้ให้ปลัดทรัพย๋สร้างและปฏิสังขนณ์วัดเขาบางทรายขึ้นใหม่เมื่อพุทธศักราช ๒๓๙๐ คณะกรมการเมืองได้อาราธนาหลวงปู่สน ปฐมเจ้าอาวาสวัดป่า มาจำพรรษาเพื่อเผยแผ่ศาสนธรรมแก่ชาวบ้านตำบลบางทรายและตำบลใกล้เคียง (หลวงปู่สนได้อุปสมบท โดยมีพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ครั้งยังทรงผนวช ทรงเป็นพระอุปัชฌาย์) 
          มีหลักฐานปรากฏในตำนานวัดบวรวิเวศวิหารและรายงานการเสด็จตรวจการคณะสงฆ์ในมณฑลปราจีนบุรีของสมเด็จพระสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส สมเด็จพระสังฆราชเจ้า เสด็จประทับแรม ณ วัดเขาบางทราย ชลบุรี เมื่อวันที่ ๒๒-๒๕ พฤศจิกายน พุทธศักราช ๒๔๕๙ ความว่า “วัดเขาบางทรายที่เสด็จประทับแรมนี้ ได้ทราบว่า สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) ครั้งยังเป็นเจ้าพระยาคลัง สร้างหรือปฏิสังขรณ์ เป็นวัดธรรมยุติมาแต่ครั้งอธิการสน ๓
เจ้าอาวาสเข้านี้ พระชลโธปมคุณมุนี (พุฒฺ ปุณฺณกเถร) เป็นเจ้าอาวาสในลำดับแห่งเจ้าอธิการสน”
          หลวงปู่สนเป็นพระสงฆ์ที่เคร่งครัดฝ่ายวิปัสสนากรรมฐาน ได้มาเผยแพร่ศาสนธรรม ณ วัดเขาบางทราย จนถึงพุทธศักราช ๒๔๑๒ เป็นเวลา ๑๒ ปี ระยะนี้
วัดมีความเจริญก้าวหน้ามาก มีภิกษุ สามเณร อุบาสก และอุบาสิกาเพิ่มมากขึ้น ท่านเป็นพระสงฆ์ที่ไม่ถนัดในด้านการปกครองคณะสงฆ์ประกอบกับท่านสูงวัยขึ้น ด้วยเหตุผลดังกล่าว ในปีพุทธศักราช ๒๔๑๒ ท่านจึงขอให้ทางกรมการเมืองและคณะสงฆ์จัดส่งพระเถระที่มีความรู้ความสามารถในด้านการปกครองคณะสงฆ์
และการเผยแพร่พระศาสนามาเป็นเจ้าอาวาสวัดเขาบางทราย
          พุทธศักราช ๒๔๑๒ เจ้าพระยาทิพากรวงศ์มหาโกษาธิปดี (ขำ บุนนาค) เสนาบดีกรมท่า บุตรของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) ผู้สร้างวัดเขาบางทรายขึ้นใหม่ เป็นผู้อาราธนาพระชลโธปมคุณมุนี (พุฒฺ ปุณฺณกเถร) ซึ่งเดิมอยู่วัดดอกไม้หรือวัดบุปผาราม ตำบลบางยี่เรือ ธนบุรี มาเป็นเจ้าอาวาส
ขณะนั้นเมืองชลสังกัดอยู่กรมท่าในเขตการดูแลของท่าน พร้อมทั้งให้พระยาวิชิตชลเขตร (ทด สมุทรานนท์) จางวางเมืองชลบุรีช่วยพัฒนาวัดเขาบางทรายอย่างต่อเนื่อง
          การบูรณปฏิสังขรณ์วัดบนเขาพระพุทธบาทบางทราย มีขึ้นในสมัยต้นรัชกาลที่ ๕ โดยพระชลโธปมคุณมุนี (พุฒฺ ปุณฺณกเถร) ร่วมมือกับพระยาวิชิตชลเขตร จางวางผู้กำกับเมืองชลบุรี ได้ปฏิสังขรณ์เป็นการใหญ่ตั้งแต่บันไดแก้วจนถึงเจดีย์ตัน ต่อมามีผู้สร้างปูชนียสถานและปูชนียวัตถุแด่วัดหลายอย่าง เช่น สมเด็จ
พระพุทธโฆษาจารย์ (เจริญ ญาณวรเถร) สร้างกุฏิเจริญธรรมภาวนาที่วิเวกท้ายเขาด้านทิศใต้ของมณฑปและวิหารปัณจวัคคีย์ พระพรหมมุนี (แย้ม) อุปวิกาโส
เจ้าอาวาสวัดราชประดิษฐสถิตมหาสีมาราม สร้างเจดีย์ศรีมหาโพธิ์ข้างวิหารพระงามไว้เมื่อวันที่ ๑๙ ธันวาคม พุทธศักราช ๒๔๔๙ สำนักชีสร้างดดยอุบาสิกาสาลี่ โถมนากรจากสำนักชีสงบจิต วัดปทุมวนาราม โดยความอุปถัมภ์ของพระเขมทัสสีชลธีสมานคุณ (เจ้าอาวาสรูปที่ ๒) เมื่อครั้งดำรงสมณศักดิ์เป็นพระครูชลธารมุนี บางท่านมาสร้างตึกพำนักเจริญธรรมภาวนาและบ่อน้ำก่ออิฐถือปูนเก็ยน้ำฝน เป็นต้น